Sin embargo, la busca de un paso que uniera los dos océanos seguía siendo lo más importante para la Corona española; y para que lo hallara envió a Hernando Magallanes en 1519 con la misión de recorrer la costa americana. Seguramente, tanto él como Solís poseían noticias de navegantes portugueses que habían hecho ya análogo viaje. Magallanes no se dejó tentar por las promesas del ancho estuario y siguió hacia la costa patagónica. Hizo escala en el golfo que llamó de San Julián, conoció a los indios tehuelches —que los españoles llamaron patagones—, y finalmente entró en el estrecho que luego se conoció con su nombre. Siguiendo sus huellas, llegó al Río de la Plata en 1526 la expedición de Sebastián Gaboto; pero las noticias difundidas por los que sabían del viaje de Alejo García incitaron al piloto a penetrar en el río Paraná en busca de un camino hacia la tierra del Rey Blanco. Un pequeño fuerte que se llamó de Sancti Spiritus, levantado sobre la desembocadura del Carcarañá, fue la primera fundación la en suelo argentino.
Ya entonces comenzaron las rencillas entre los que buscaban la tierra de la plata. Gaboto exploró el Paraná y el Bermejo, pero retornó al saber que otra expedición al mando de Diego García, le seguía los pasos. Cuando se pusieron de acuerdo, recorrieron juntos el Paraguay hasta las bocas del Pilcomayo. Pero nada pudieron averiguar sin certeza sobre la manera de llegar a la fabulosa región de guaraníes destruían el fuerte Sancti Spiritus.
Desde ese momento, el hallazgo de un camino que condujera desde el Río de la Plata hasta el recién descubierto Perú comenzó a transformarse para los españoles en una obsesión.
Si ese camino existía y era más fácil que la ruta del Pacífico las incalculables riquezas que habían dejado estupefacto a Pizarro podrían llegar a la metrópoli por una vía más directa y más segura. Para tentar esa posibilidad, Pedro de Mendoza, investido con el título de adelantado del Río de la Plata, salió de España en 1535 al mando de una flota para fundar un establecimiento que asegurara las comunicaciones con la metrópoli.
Así nació la primera Buenos Aires, fundada por Mendoza en 1536, sobre las barrancas del Riachuelo que pronto se llamaría de La Matanza. Ulrico Schmidl, uno de sus primeros pobladores, describió la ciudad y relató las peripecias de sus primeros días. Un muro de tierra rodeaba las construcciones donde se alojaban los expedicionarios, entre los que había, además de los hombres de espada, los que venían a aplicar sus manos a los instrumentos de trabajo. Caballos y yeguas que habían viajado a bordo de las naves daban a los conquistadores una gran superioridad militar. Los querandíes ofrecieron al principio carne y pescado a los recién llegados; pero luego se retrajeron y las relaciones se hicieron difíciles. Hubo luchas y matanzas. Pero los españoles se sobrepusieron a las dificultades y procuraron cumplir sus designios emprendiendo el camino hacia el Perú.
Juan de Ayolas navegó por el Paraná y el Paraguay y se internó luego por tierra hacia el noroeste. Quizá llegó a Bolivia y acaso logró algunas riquezas, pero nunca volvió a las orillas donde lo esperaban sus hombres. Su lugarteniente, Domingo Martínez de Irala, asumió el mando en la pequeña ciudad que otro de ellos —Juan de Salazar— acababa de fundar con el nombre de Asunción. Desde entonces, ésa fue la base de operaciones de los que repitieron el intento de llegar a la tierra de la plata: el segundo adelantado, Álvar Núñez Cabeza de Vaca, Irala y otros más. Buenos Aires fue despoblada y abandonada, en tanto que Asunción prosperó con la introducción de ganados y el desarrollo de la colonización. Pero la ruta que conducía al Perú no fue hallada.
Viniendo del Perú hacia el sur, en cambio, los españoles de la tierra de la plata lograron hallar una salida hacia la cuenca de los grandes ríos. Diego de Almagro recorrió en 1536 el noroeste argentino. Poco después, en 1542, Diego de Rojas —y sus hombres después de su muerte— cruzaron esa misma región, que se conoció con el nombre de el Tucumán y llegaron hasta las bocas del Carcarañá. Y algo más tarde, Núñez del Prado fundó en esa comarca la primera ciudad, que llamó del Barco.
Por entonces, comenzaba a desvanecerse la esperanza de establecer en el Río de la Plata la base de operaciones para el transporte de los metales peruanos. El tercer adelantado, Juan Ortiz de Zárate, decidió colonizar la fértil llanura que le había sido adjudicada, y uno de sus hombres, Juan de Garay, fundó en 1573 la ciudad de Santa Fe. La estrella de Asunción, que tanto había ascendido durante el esforzado gobierno de Irala, comenzó a declinar, y el Río de la Plata volvió a parecer el centro natural de la región. Al año siguiente, Ortiz de Zárate regresó de España con cinco naves colmadas de hombres y mujeres que se afincaron en la comarca y por cierto, acompañado del arcediano Martín del Barco Centenera, que más tarde compuso un largo poema; en el que narró la conquista y que tituló precisamente
La Argentina
. Pero el adelantado murió al poco tiempo y tras diversas vicisitudes, quedó Juan de Garay a cargo del gobierno del Río de la Plata.
Para entonces, los conquistadores que venían del Perú lograron reducir a los diaguitas y fundaron Santiago del Estero en 1553, San Miguel del Tucumán en 1565 y Córdoba en 1573. Los que venían de Chile, por su parte, fundaron Mendoza en 1561 y al año siguiente San Juan. El origen de los conquistadores determinó la orientación de cada una de esas regiones: el Tucumán hacia el Perú y Cuyo hacia Chile.
Pero la cuenca de los grandes ríos miraba hacia España y Juan de Garay decidió cumplir el viejo anhelo de repoblar Buenos Aires. En 1580 reunió en Asunción un grupo de sesenta soldados, muchos de ellos criollos, y se embarcó llevando animales y útiles de trabajo. Sobre el Río de la Plata, el 11 de junio de 1580, fundó por segunda vez la ciudad de Buenos Aires, distribuyó los solares entre los nuevos vecinos, entregó tierras para labranza en las afueras y constituyó el Cabildo. Así quedó abierta una «puerta a la tierra» que debía emancipar al Río de la Plata de la hegemonía peruana. Poco después, sin embargo, la metrópoli invalidaría el puerto de Buenos Aires, que sólo sirvió para alimentar el temor a los ataques de los piratas. Muy pronto debía servir también para el contrabando de las mercancías que España le vedaba recibir.
En 1582 fue fundada la ciudad de San Felipe de Lerma, que recibió del valle en que estaba situada el nombre de Salta. Las riquezas minerales de la sierra de Famatina atrajeron a los conquistadores hacia otros valles, y en 1591 se fundó La Rioja; y para vigilar la boca de la quebrada de Humahuaca se fundó en 1593 San Salvador de Jujuy. No mucho antes, el cuarto adelantado Juan Torres de Vera y Aragón había fundado en el alto Paraná la ciudad de Corrientes en 1588.
Así nacieron en poco tiempo los principales centros urbanos del país, donde se radicaron unos pocos pobladores, españoles de la península unos y criollos nacidos ya en estas tierras otros; a su alrededor flotaban los grupos indígenas de la comarca conquistada, sometidos al duro régimen de la encomienda o de la mita con el que se beneficiaba de su trabajo el español que era su señor; y mientras fatigaban sus cuerpos en la labranza de las tierras o en la explotación de las minas, soportaban el embate intelectual de los misioneros que procuraban inducirlos a que abandonaran sus viejos cultos y adoptaran las creencias cristianas. Un sordo resentimiento los embargó desde el primer momento, y lo tradujeron en pereza o en rebeldía. Las mujeres indias fueron tomadas como botín de la conquista, y de ellas tuvieron los conquistadores hijos mestizos que constituyeron al poco tiempo una clase social nueva. De vez en cuando llegaban a las ciudades nuevos pobladores españoles, que se sentían más amos de la ciudad que esta heteróclita población criolla, mestiza e india, que se agrupaba alrededor de los viejos vecinos. En los cabildos, aquellos que tenían propiedades ejercían la autoridad bajo la lejana vigilancia de gobernadores y virreyes.
En la dura faena de la conquista y la colonización, los misioneros solían introducir cierta moderación en las costumbres y algunas preocupaciones espirituales. Pero su esfuerzo se estrelló una y otra vez contra la dureza del régimen de la encomienda y de la mita. En los templos que se erigían no faltó la imagen tallada por artesano indígena que transmitió al santo cristiano los rasgos de su raza o el vago perfume de sus propias creencias. En 1570 fue creado el obispado de Tucumán para celar la obra de sacerdotes y misioneros. A los dominicos y franciscanos, se habían agregado poco antes los jesuitas que, activos y disciplinados, organizaron las reducciones de indios y dedicaron sus esfuerzos a la educación. Así adquirieron los religiosos fuertes influencia y osaron disputar con las autoridades civiles sobre la vida misma de la colonia. Muy pronto hubo frailes criollos y mestizos. Criollos fueron también el gobernador de Asunción, Hernando Arias de Saavedra y el obispo del Tucumán, fray Hernando de Trejo y Sanabria; mestizo fue también Ruy Díaz de Guzmán que escribió en Asunción la primera historia argentina. Las razas y las ideas comenzaban a entrecruzarse.
Cuando llegó al gobierno del Río de la Plata Hernando Arias de Saavedra —el primer criollo que alcanzó esa dignidad—, se ocupó de regularizar las difíciles relaciones entre las autoridades eclesiásticas y civiles en un sínodo que reunió en Asunción en 1603. Pero el problema era arduo y volvió a suscitarse una y otra vez. En Buenos Aires, la querella entre obispos y gobernadores fue durante toda la época colonial una de las causas de agitación en el vecindario. Fuera de las pequeñas cuestiones personales y del conflicto entre las distintas tendencias políticas que se suscitó después, un motivo frecuente de discrepancia fue el problema de los indios, más grave, sin duda, en el Paraguay y en el Tucumán que en el Río de la Plata.
Pese a las recomendaciones reales, el trato que los encomenderos daban a los indios era duro y cada uno se servía de los que le habían sido asignados como si fueran sus siervos, olvidados de los deberes para con ellos que les estaban encomendados. Para protegerlos, Hernandarias tomó diversas medidas, pero no fueron suficientes para corregir la conducta de los encomenderos obsesionados por la riqueza. Francisco de Alfaro, enviado para visitar la comarca por la Audiencia de Charcas, dispuso en 1611 suprimir el servicio personal de los indios; pero sus ordenanzas tampoco modificaron la situación. Hernandarias dio un paso audaz y encomendó a los jesuitas la fundación de unas «misiones» donde trabajarían y se educarían los guaraníes del Paraguay. Las fundaciones fueron extensas y prósperas; pero crearon un mundo incomunicado en el que las mismas autoridades civiles difícilmente entraban. Fue el «Imperio jesuítico». Así comenzó a ser el Paraguay un área marginal, ajena a la evolución del Tucumán y del Río de la Plata donde el mestizaje creó dolorosamente una sociedad abierta.
Curioso explorador tanto de las tierras del sur como de las del Chaco, Hernandarias comprendió que Asunción y Buenos Aires constituían dos centros de distintas tendencias y de diferentes posibilidades, y solicitó a la Corona la división de la colonia rioplatense. Una Real Cédula de 1617 separó al Paraguay del Río de la Plata y desde entonces sus destinos tomaron por caminos diversos.
Buenos Aires, la pequeña capital de la gobernación del Río de la Plata, adoptaba ya, pese a su insignificancia, los caracteres de un puerto de ultramar. Situada en una región de escasa población autóctona los vecinos se dedicaron a la labranza ayudados por los pocos negros esclavos que comenzaron a introducirse, y algunos procuraron obtener módicas ganancias vendiendo sebo y cueros, que obtenían capturando ocasionalmente ganado cimarrón que vagaba sin dueño por la pampa. Quienes obtenían el «permiso de vaquerías» para perseguirlo y sacrificarlo, vendían luego en la ciudad aquellos productos que podían exportarse, unas veces con autorización del gobierno y otras sin ella. Porque a pesar de su condición de puerto pesaba sobre Buenos Aires una rígida prohibición de comerciar. Desde 1622, una aduana «seca» instalada en Córdoba defendía a los comerciantes peruanos de la competencia de Buenos Aires. Tales restricciones hicieron que el contrabando fuera la más intensa y productiva actividad de la ciudad, y sus alternativas llenaron de incidentes la vida del pequeño vecindario. Unas veces fue la falta de objetos imprescindibles, como el papel de que carecía el Cabildo; otras, fue la llegada subrepticia de ricos cargamentos; otras, el descubrimiento de sorprendentes complicidades entre contrabandistas y magistrados. Siempre condenado, el contrabando hijo de la libertad de los mares, floreció y contribuyó a formar una rica burguesía porteña.
Mil españoles y una caterva de esclavos constituían el vecindario de la capital de la gobernación. Dentro de su placidez, la vida se agitaba a veces. En más de una ocasión se anunció la llegada de naves corsarias y fue necesario poner a punto las precarias fortificaciones y movilizar una milicia urbana; pero el peligro nunca fue grande y los vecinos volvían a sus labores prontamente. Lo que más los agitó fueron las querellas entre el obispo y las autoridades civiles, todos celosos de sus prerrogativas y todos acusados o acusadores en relación con los negocios de contrabando. Así se desenvolvió, durante el siglo XVII y buena parte del XVIII, la vida de Buenos Aires, la pequeña aldea en la que los viajeros advertían la vida patriarcal que transcurría en las casas de techos de paja, en cuyos patios abundaban las higueras y los limoneros. Allí vivían los más ricos, rodeados de esclavos y sirvientes, orgullosos de sus vajillas de plata y de los muebles que habían logrado traer de España o del Perú, y los más pobres, ganando su pan en el trabajo de la tierra o en el ejercicio de las pequeñas artesanías o del modesto conchavo. Una pequeña burocracia comenzaba a constituirse con españoles primero y con criollos también mas tarde. Y alrededor de la ciudad se organizaban lentamente las estancias de los poseedores de la tierra, algunos de los cuales se lanzaban de vez en cuando hacia el desierto, ayudados en su tarea de perseguir ganado cimarrón por los «mancebos de la tierra», criollos y mestizos que preferían la libertad de los campos a la sujeción de una ciudad que no era de ellos y que prefiguraban el tipo del gaucho.
Cada cierto tiempo, un navío traía noticias de la metrópoli y del mundo. Las más interesantes eran, naturalmente, las que tenían que ver con el destino de la gobernación y especialmente las que se relacionaban con la suerte de la costa oriental del Río de la Plata. Desde 1680 había allí una ciudad portuguesa —la Colonia del Sacramento— que se había convertido en la puerta de escape del comercio de Buenos Aires. Artículos manufacturados, preferentemente ingleses, y algunos esclavos se canjeaban por el sebo y los cueros que proveía la pampa. Pero precisamente por esa posibilidad, la suerte de la Colonia fue muy cambiante. Una y otra vez las pobres fuerzas militares de Buenos Aires se apoderaron de ella, pero tuvieron que cederla luego a causa de los acuerdos establecidos entre España y Portugal. En 1713, por el tratado de Utrecht, lograron los ingleses autorización para introducir esclavos; y en connivencia con los portugueses organizaron metódicamente el contrabando con Buenos Aires. El tráfico entre las dos orillas del río se hizo tan intenso que los portugueses se creyeron autorizados para extender aún más sus dominios. Pero España reaccionó enérgicamente y encomendó al gobernador Bruno Mauricio de Zabala que los contuviera. Zabala fundó Montevideo en 1726, y las ventajas de ese puerto lo transformaron pronto en el centro de las operaciones navales en el Río de la Plata. Muy poco después Montevideo se consideró un competidor de Buenos Aires.