Posiblemente, ni siquiera Alp Arslan apreciara la magnitud de la victoria conseguida. Tal vez partía de la base de que el gran imperio no podía ser derrotado realmente. En cualquier caso, no sometió al emperador cautivo a ningún ultraje. Mantuvo a Romano en una reclusión honorable, y le libertó a cambio de un tratado que exigía que los bizantinos pagaran un cuantioso rescate y un tributo anual, y que dieran la libertad a todos los presos islámicos.
Si los bizantinos hubieran cumplido con este tratado, por humillante que fuese, podrían haber limitado sus pérdidas y conseguido el tiempo necesario para recuperarse. Sin embargo, incluso en esa crisis, los gobernantes de Constantinopla pensaban en primer lugar en las cuestiones partidistas. La derrota de Romano fue la gran oportunidad de los funcionarios civiles para recobrar el cargo de emperador. Cuando volvió Romano a Constantinopla, su mujer (a través de la cual gobernaba) estaba encerrada en un convento. El mismo fue detenido, cegado cruelmente y enviado al exilio, donde pronto murió.
En su lugar, su hijastro, el hijo de Constantino X, fue proclamado emperador. Era menor de edad cuando murió su padre, pero ya tenía años suficientes para reinar, y se convirtió en Miguel VII. Psellus cumplió con su papel de funcionario obsequioso de la corte y estudioso-en-residencia escribiendo un extravagante panegírico del nuevo emperador que de hecho era bastante incompetente. Miguel era un erudito y no un soldado, y los tiempos desgraciadamente requerían un soldado.
Los turcos, que habían hecho un tratado con un emperador, y después se encontraron con que había sido destituido por su propia gente, consideraron el tratado papel mojado. Hicieron incursiones en Asia Menor que, sin tropas y desamparada, no podía ofrecer resistencia. La península fue invadida y cayó bajo el dominio turco, y nunca fue recuperada por entero. Los dominios turcos en la península recibieron el nombre de Rum (la versión turca de Roma, puesto que el monarca que había derrotado seguía llamándose Emperador Romano y sostenía todavía que sus dominios eran el Imperio Romano).
El Imperio Bizantino perdió de este modo las fuentes de donde sacaba sus mejores combatientes y sus generales más capaces. El hecho de que el litoral de Asia Menor se hubiera perdido, o en algunos lugares se sostuviera precariamente, destruyó la capacidad del imperio para seguir siendo una potencia marítima. En efecto, el propio cristianismo fue borrado paulatinamente de la península, y ciudades célebres en la historia cristiana se hicieron islámicas y continúan siéndolo.
Hasta nuestros días, Asia Menor constituye el corazón de la moderna nación de Turquía.
Por supuesto, el Imperio Bizantino no desapareció por completo del mapa. Sus provincias europeas continuaron intactas, y Constantinopla siguió siendo grande y rica. El emperador mantuvo su prestigio y su ritual esplendoroso durante muchas generaciones. Pero el imperio dejó de ser una gran potencia. No volvió a luchar contra sus enemigos con sus propios medios. A partir de entonces tendría que pedir servilmente ayuda a los que siempre había considerado (y en el fondo de su corazón, consideraba todavía) bárbaros, y en adelante sus ejércitos estarían formados siempre por mercenarios.
Con Miguel VII, la situación en Constantinopla se deterioró rápidamente. El besante de oro tuvo que ser devaluado de nuevo. Los alimentos escaseaban y los precios subieron. Nada podía hacer más impopular al gobierno.
En 1078 estalló la inevitable rebelión. Hubo dos, una en los Balcanes y otra en lo que quedaba de Asia Menor. Cada una fue dirigida por un general diferente, y los dos se llamaban Nicéforo. Miguel VII, que de todas maneras se encontraba a disgusto en su cargo, abdicó rápidamente, y se le permitió entrar en un monasterio. Allí se sintió mucho más contento y manifestó abiertamente que su único disgusto era que se vería obligado a seguir un régimen vegetariano. Con la desaparición de Miguel VII, Psellus, que tenía entonces sesenta años, también se desvaneció. No se supo más de él, y nunca terminó su historia. No se sabe si fue ejecutado, si murió de causas naturales o se retiró.
Los dos generales rebeldes lucharon entre sí y ganó el Nicéforo de Asia Menor, apoyado por los turcos seléucidas. Se convirtió en emperador con el nombre de Nicéforo III. Tampoco reinó mucho tiempo, y la única razón por la cual permaneció en el trono una temporada fue que tuvo la fortuna de disponer de un general capaz, el mejor que el imperio había tenido desde la muerte de Basilio II.
El general era Alejo Comneno, sobrino de Isaac Comneno, que había reinado brevemente como Isaac I veinte años antes. Alejo se había pasado la vida en el ejército, luchando con honor a las órdenes de Romano IV y Miguel VII. Era el principal sostén de Nicéforo III, y para él derrotó a todos los generales que se le oponían.
Sin embargo, a Alejo le empezó a parecer que Nicéforo carecía de capacidad para dirigir el gobierno y ganarse la fidelidad del ejército y del pueblo. En 1081, Alejo decidió que él mismo podía hacerlo.
Consiguió el apoyo de otros miembros de su familia y se casó con Irene, la hija del ex emperador Miguel VII para obtener el apoyo de la poderosa familia Ducas (y para hacer que su pretensión al trono resultara mucho más legítima). Luego se adueñó de Constantinopla con un rápido golpe, y Nicéforo III abdicó y se retiró, al igual que su antecesor, a un monasterio. La familia Comneno era una de las grandes familias terratenientes, y el ascenso de Alejo representó la victoria final de ese partido frente a los civiles. Durante el resto de su historia, el imperio tendría un carácter feudal y estaría dominado por las turbulentas familias terratenientes.
Por primera vez desde la muerte de Basilio II, sesenta años antes, el Imperio Bizantino tenía un gobernante fuerte y capaz; pero ya era tarde. El reino estaba hecho añicos, y Alejo tuvo que enfrentarse a una situación que era casi irreversible.
Asia Menor estaba casi perdida. Las tropas imperiales conservaban unas cuantas fortalezas desperdigadas a lo largo de la costa. El imperio estaba formado por la península balcánica al sur del Danubio, además de las dos grandes islas de Creta y Chipre. Pero incluso éstas estaban en peligro. A lo largo de la frontera norte estaban los pechenegos, los servios, los magiares y los cumanes.
Lo peor de todo era que Occidente, al otro lado del angosto estrecho que separaba el imperio de Italia, estaban los normandos. El Imperio Bizantino estaba acostumbrado a enfrentarse en el norte con los bárbaros, en el este con los persas y turcos, y en el sur con los árabes. Ahora, tenía que fijar también su atención en el oeste. Por primera vez desde los días de Julio César, mil años antes, ejércitos procedentes de Italia intentaban invadir los Balcanes. Occidente marchaba hacia Oriente.
Ya antes de la batalla de Manzikert, los normandos se habían convertido en los amos del sur de Italia. Luego, Roberto Guiscardo envió a Roger, el más joven de sus hermanos a Sicilia. Los ocupantes islámicos, que se habían defendido frente a todos los contraataques de los bizantinos durante los dos siglos anteriores, se desmoronaron ante los normandos.
Antes de que se hubiera completado la conquista de Sicilia, Guiscardo pensaba en nuevos mundos que conquistar. En junio de 1081, sólo dos meses después de que Alejo se hubiera convertido en emperador, Guiscardo estaba preparado. Tenía 30.000 hombres con una flota de 150 naves, y navegó hacia el este con el distante fulgor de Constantinopla en su mente. Tomó la isla de Corfú sin muchos problemas, y una vez que desembarcó a su ejército en el imperio continental, partió hacia el norte y puso sitio a la ciudad de Dyrrhachium.
Alejo únicamente podía hacer frente a esta nueva amenaza eliminando una más antigua. Su mente ágil reflexionó sobre la situación oriental. Alp Arslan había muerto poco después de la batalla de Manzikert, y su hijo, el todavía más hábil Malik Shah, estaba demasiado ocupado en el sur. Los virreyes turcos de Asia Menor estaban muy satisfechos de sus poderes autónomos y se alegrarían enormemente si se independizaban de su monarca. Acogerían con beneplácito la paz con los bizantinos para fortalecerse contra Malik Shah, y al tiempo tampoco les haría daño un poco de dinero. Alejo pagó a los virreyes (lo cual significaba impuestos más elevados y un besante devaluado de nuevo en el país) e incluso utilizó mercenarios turcos. Una vez hecho esto, se volvió contra Guiscardo.
Era difícil, si no imposible, derrotar a Guiscardo en tierra, pero el mar era otra cosa. La ciudad de Venecia tenía intereses creados en el imperio, cuyo comercio llevaba casi un siglo administrando, y Alejo estaba dispuesto a ofrecerle aún más concesiones comerciales (todas estas concesiones, arrancadas al imperio debido a sus desgracias, no intensificaron el control colonial de los comerciantes italianos, dañaron a la economía bizantina y aceleraron la decadencia, que produjo más desgracias, más concesiones, y así sucesivamente, en un círculo vicioso).
Llegó la flota veneciana, y las naves normandas mandadas por Bohemundo, hijo ilegítimo de Guiscardo, fueron fácilmente derrotadas. Alejo esperaba que los normandos concentrarían todas sus energías en buscar el medio de volver a Italia y olvidarían sus proyectos de invasión. Pero Guiscardo no cooperó. Estaba emperrado en conseguir el imperio y marchó hacia el interior, decidido a vivir de la tierra. Alejo tuvo que retroceder hasta el mar Egeo. Desesperado, intentó levantar otro ejército. Estaba sin fondos, y eso le obligó a apoderarse de propiedades de la Iglesia y a ir tirando con lo que quedaba de las decrecientes reservas militares del imperio.
Afortunadamente para Alejo, los asuntos políticos en Italia se ponían difíciles para Guiscardo, y éste se vio obligado a volver a su reino para poner orden. Sin embargo, dejó a su ejército en los Balcanes bajo el mando de Bohemundo. Bohemundo era grande, buen luchador y temerario, pero no era Guiscardo. Las probabilidades de Alejo contra él eran algo mejores.
En la primavera de 1083, Alejo envió su ejército contra Bohemundo con un nuevo tipo de defensa. De un modo u otro, era necesario neutralizar la carga arrolladora de los normandos. Aquellos hombres grandes encima de sus grandes caballos eran entonces la mejor caballería pesada del mundo. Eran indisciplinados y se les podía esquivar, pero no era posible combatirlos en un ataque frontal. Por lo tanto, Alejo puso pesadas armaduras en parte de sus infantes y les situó en carros con lanzas erizadas de púas extendidas hacia delante. Eran como blindados primitivos y con ellos se intentaba detener la carga normanda. Bohemundo no tuvo problemas para combatirlos. Sencillamente hizo que su caballería galopara contorneando la línea de carros y atacara al ejército bizantino por el flanco. Alejo tuvo que retirarse de nuevo.
Antes de 1084, Bohemundo estaba en Tesalia. Una victoria más y a Alejo le quedaría únicamente Constantinopla. Pero Alejo no tiró todavía la toalla. Consiguió reunir otro ejército, y empleó a 7.000 soldados turcos de caballería procedentes de Asia Menor. En Larisa, los dos ejércitos combatieron de nuevo. Esta vez Alejo evitó la confrontación directa. Con una astuta maniobra fingida, indujo a Bohemundo a que atacara en una dirección equivocada, y luego envió a su ejército principal contra el campamento y destruyó sus abastecimientos.
Esto quebrantó el espíritu normando. Iban ganando, pero también llevaban luchando en los Balcanes tres años y habían tenido muchas bajas. Una parte de la fuerza de combate primitiva había muerto, y el resto estaba cansado. La población griega, que odiaba a los occidentales por heréticos, tan malos como los turcos, los hostigaba constantemente con tácticas guerrilleras.
No es sorprendente que el ejército normando comenzara a quejarse y que la disensión cundiera rápidamente. Tal vez el formidable Guiscardo podía haber mantenido unidos a sus hombres, pero Bohemundo no pudo. Se retiró hasta la costa adriática, y dejando guarniciones en los puertos, se apresuró a volver a Italia para llamar a su padre.
Guiscardo, que ya había arreglado sus problemas italianos, estaba bien dispuesto para volver a las guerras balcánicas. Reunió otra flota, partió de nuevo hacia Corfú, combatió a las naves combinadas de Venecia y el imperio hasta que se produjo el alto el fuego, y por fin, en julio de 1085 murió. Tenía unos setenta años y se había mantenido indomable e invencible hasta el final.
Sin él, los normandos no podían mantenerse unidos mucho tiempo, en especial porque había una disputa sobre la sucesión. Bohemundo, como hijo ilegítimo, no heredó, recibió un título inferior y se retiró resentido. Toda la expedición se dispersó, y el peligro normando para el Imperio Bizantino terminó.
Esto no significaba de ningún modo que Alejo no tuviera problemas. Mientras luchaba contra los normandos, también intentó reformar el gobierno y conseguir el apoyo de la Iglesia como contrapeso a los grandes terratenientes. Pero la necesidad de una lucha continua lo desequilibraba, e incluso una vez desaparecidos los normandos le quedaban todavía muchos enemigos.
Había uno dentro de las fronteras. Aproximadamente un siglo antes de que Alejo accediera al trono, había aparecido una nueva secta cristiana en las provincias búlgaras que predicaba que el mundo y su contenido material eran creaciones del diablo. Para conseguir la salvación, era necesario evitar en lo posible cualquier contacto con el mundo. Esta nueva secta no creía en el matrimonio, en el sexo o en la comida o la bebida por encima de lo más indispensable. Rechazaba también todo el ritual de la Iglesia. El fundador de la secta era un sacerdote, Teófilo. El nombre significa «amor de Dios», que en el idioma eslavo se dice Bogomil. Por consiguiente, se conoce a esta secta con el nombre de los Bogomilos.
Sin duda, la nueva secta se volvió cada vez más influyente en las provincias búlgaras porque era un método de resistir el dominio de los griegos y del patriarca de Constantinopla. Sin embargo, a finales del siglo XI comenzó a extenderse de manera alarmante por el resto del imperio. En los tiempos de decadencia y desastre que vinieron tras la batalla de Manzikert, era un consuelo pensar que la creación visible era perversa y obra del diablo; por lo tanto sería mejor destruirla. Quizá los destructores llevaban a cabo la obra de Dios.
Esto hacía que la secta fuera peligrosa, ya que unos individuos que se adaptaban de forma fatalista a la derrota y la destrucción, y que incluso las veían con buenos ojos, representaban un peso muerto. Con unos cuantos más de ellos, el imperio se derrumbaría espontáneamente. Por esta razón, Alejo se vio obligado a tomar severas medidas contra los bogomilos. En 1086 se sublevaron, apoyados por los pechenegos y los cumanos del norte del Danubio.